Dès la reprise des activités après le Génocide perpétré contre les Tutsi en 1994, la réhabilitation des infrastructures sanitaires catholiques fut assurée par la Caritas Rwanda sous l’appui financier du réseau Caritas du Nord (Caritas Italie, Caritas Espagne, Secours Catholique France, Caritas Autriche et la Caritas Australie). L’assistance technique était assurée par la Caritas Italienne qui en était par ailleurs le principal bailleur, à raison de 80%. Ce programme de réhabilitation médico-sociale avait été établi pour une durée de trois ans et devait prendre fin au 31 décembre 1997.
Cette période que l’on peut qualifier « période de réhabilitation »avait été considérée comme une phase d’urgence au cours de laquelle il fallait redémarrer les services de santé qui avaient fermés à cause du génocide et de la guerre. En effet, les infrastructures étaient détruites ou fortement endommagées, les équipements pillés et le personnel soit tué soit exilé.
Pour faire suite à cette situation d’urgence, la Conférence Episcopale de l’Eglise Catholique au Rwanda s’organisa en 1998 dans le but de poursuivre l’œuvre entreprise. Elle a donné un mandat à la Caritas Rwanda de mettre en son sein un département Santé capable d’assurer la coordination nationale des Formations Sanitaires Catholiques Agréées. C’est dans ce cadre que les Caritas diocésaine ont aussi mis en place ce département en vue de faciliter cette coordination à tous les niveaux.
L’engagement de l’Eglise Catholique dans la pastorale de la Santé tire son origine dans l’Evangile et rappelle directement l’œuvre de Jésus médecin des âmes et des corps. En effet, ému par tant de souffrance, le Christ se laisse non seulement touché par les malades, mais il fait siennes leurs misères : Il a pris nos infirmités et s’est chargé de nos maladies (Mt 8, 14). Jésus va même jusqu’à s’identifier avec les malades (Mt 25,36).
Durant sa mission sur la terre, le Christ accompagnait sa prédication par des signes qu’il accomplissait sur les malades en guérissant toutes sortes de maladies et handicaps. L’attention du Christ aux malades manifeste l’amour miséricordieux de Dieu qui guérit l’Esprit, l’âme et le corps. Le Christ invite ses disciples à le suivre et les fait participer à son mystère et compassion et de guérison (Mc 6,12-13).
L’Église Catholique poursuit ce ministère du Seigneur et le réalise autant par les soins qu’elle apporte aux malades à travers ses œuvres sanitaires que par la prière d’intercession qui les accompagne. L’Eglise Catholique s’engage à prendre des stratégies nécessaires pour mieux réaliser sa mission pastorale de la santé.
